L'azienda è nata il 1° febbraio 2012 dalla fusione della divisione trasporti di ATC, che ai tempi svolgeva l'attività nei bacini di Bologna e Ferrara, con la divisione Trasporti di Ferrovie Emilia Romagna (FER).
La società TPER, con sede a Bologna, attualmente gestisce due bacini: Bologna e Ferrara.